009-1：初始之末

009ノ1 THE END OF THE BEGINNING

世界情勢混乱により完全に二極分断された＜ウエスタンブロック＞と＜イースタンブロック＞。緊迫する軍事境界エリアに設置された特殊部隊「ゼロゼロ機関」が作り出したミレーヌ・ホフマン通称「0091ゼロゼロナインワン」（岩佐真悠子）。その任務はウエスタン・ブロックの最前線部隊として敵地に潜入し、必要な情報収集や盗まれた情報の回収を行う事。いわば完全武装されたサイボーグエージェント。ミレーヌは、移民売買を摘発するミッションを遂行中、移民のひとりの青年クリス（木ノ本嶺浩）に目を留める。ミッションは成功するが、何故かその青年のことが頭から離れない―――。そして、ゼロゼロ機関のボス（竹中直人）からミレーヌに「Dr.クラインを奪還、保護せよ」という新たなミッションが下された。自分の失われた記憶の謎を知る博士の名を聞いて戸惑うミレーヌ。迫り来るイースタンブロックの女サイボーグエージェント（長澤奈央）からDr.クライン（杉本彩）を奪還できるのか。失われたミレーヌの記憶は戻るのか。秘密裏に進められているファウストプロジェクトとは一体･･･そして･･･明かされるクリスの正体とは――。